结核科是公卫中心传染病学优势学科，也是上海市结核病诊治定点医院之一，还是上海市儿童结核病的唯一定点收治医院。结核科建立了完整的结核病诊断治疗和管理方案，在肺结核（初治、复治、耐多药结核病）、儿童结核病、肺外结核（如淋巴结核、骨结核、结核性脑膜炎、肾结核、生殖系统结核、腹腔结核、皮肤结核等）、其他疾病合并结核病（如肝病合并结核病、糖尿病合并结核病、妊娠合并结核病、免疫缺陷合并结核病等）、非结核分枝杆菌病等多种疾病的诊断、治疗以及鉴别诊断方面具有独到之处。同时，在肺癌及其它呼吸系统疾病(重症肺炎、哮喘、支气管炎、支气管扩张、肺脓肿、尘肺等)的诊疗方面也具有丰富经验，在不明原因肺炎的诊疗方面具有深厚实力。结核科先后发表学术论文60余篇，SCI影响因子合计超过170，主要涉及结核病的快速诊断，结核病新型疫苗、结核病相关宿主免疫缺陷研究，结核相关药物临床试验、重症肺炎的救治等。
收治病种有肺结核、肺外结核、儿童结核病、妊娠结核病、播散性卡介菌病及结核病合并全身其他疾病，如结核病合并肝病、结核病合并糖尿病、结核病合并肾病、结核病合并恶性血液系统疾病等；在危重症结核病及难治性结核病救治方面积累了丰富的临床经验，比如结核性脑膜炎、重症肺结核、播散性卡介菌病、耐多药结核病等的救治。结核科自建科以来致力于结核病的快速确诊及个体化治疗，结核科临床一线人员与中心的结核团队其他成员包括病理、超声及影像、检验、外科以及科研团队成员一起精诚协作，在肺结核、肺外结核病的诊断及治疗方面具有较大的优势。同时对重症病毒性肺炎、肺部真菌感染等其他肺部感染性疾病、慢性阻塞性肺病、自发性气胸、支气管哮喘、支气管扩张、肺脓肿、脓胸、肺部肿瘤等疾病的诊断、鉴别诊断及治疗方面也具有丰富的经验。在2009年甲型H1N1流感及2013年H7N9禽流感的救治方面积累了宝贵的实战经验。
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